De oprichting van de school in 1922 hield verband met de groei van Ede-Zuid in het begin van de twintigste eeuw. Maanen was toen nog een buurtschap met verspreide boerderijen en woningen. Kinderen uit deze omgeving moesten voor het onderwijs vaak een flinke afstand afleggen. Na de financiële gelijkstelling van openbaar en bijzonder onderwijs in de Lager Onderwijswet van 1920 ontstonden betere mogelijkheden om nieuwe christelijke scholen te bouwen. Er werd grond aangekocht in Maanen voor een hervormde lagere school. In januari 1922 werd het gebouw in gebruik genomen. De school kreeg officieel de naam School in Maanen. De school had een duidelijk hervormde identiteit, waarmee zij zich onderscheidde van de gereformeerde School met den Bijbel, die eveneens in Ede-Zuid gevestigd was.

De Koepelschool trok in de eerste decennia veel kinderen uit boerengezinnen in de omgeving van Maanen. In die tijd liepen veel kinderen op houten klompen naar school. Daarom kreeg de school de bijnaam Klompenschool en ook wel Boerenklompenschool. De school werd oorspronkelijk niet Koepelschool genoemd. De naam ontstond doordat het schoolgebouw een opvallende koepel had, die een herkenbaar onderdeel van de architectuur vormde. Geleidelijk werd de naam Koepelschool steeds vaker gebruikt door leerlingen, ouders en onderwijzers. In 1976 werd deze naam officieel vastgesteld. In de loop van de twintigste eeuw groeide de school, vooral na 1950, en moest de huisvesting worden uitgebreid en aangepast aan nieuwe onderwijskundige eisen.

In 1997 kreeg de Koepelschool een nieuw schoolgebouw aan de Nieuwe Maanderbuurtweg 2. Tijdens de periode van sloop en nieuwbouw zat de school in het oude Pallas Athene College. In 2003 werden er nog 4 lokalen bijgebouwd.

Later gebruikte zij daarnaast een locatie aan de Oranjelaan. In augustus 2012 kwam het voormalige schoolgebouw van Het Streek aan de Oranjelaan beschikbaar. Een gedeelte werd door de gemeente aan de Koepelschool toegewezen. In september 2019 werden de verschillende schoolonderdelen organisatorisch samengevoegd. Een jaar later verhuisde de onderbouw van de Oranjelaan naar de Anton Mauvestraat 10A, in het gebouw dat eerder door de Oranje Nassauschool werd gebruikt.

In 1950 wordt er aan de Zanderijweg de fröbelschool gebouwd. Een houten gebouw met twee lokalen (in elk is ruimte voor 30 leerlingen). Kleuters vanaf 4 jaar worden toegelaten, maar bij uitzondering ook vanaf 3,5 jaar op voorwaarde dat het kind na de fröbelschool op de hervormde lagere school komt. In 1958 zitten er 71 kinderen op school. Dit zijn er veel te veel en er moet voor het nieuwe schooljaar een selectie worden toegepast. In 1958 wordt mevrouw Josina Versteeg als hoofd benoemd. Het houten gebouw wordt door de inspectie afgekeurd voor onderwijs. Het nieuwe (stenen!) gebouw met drie lokalen wordt pas 13 mei 1960 officieel in gebruik genomen. Er is plaats voor 120 kinderen. De oude afgekeurde kleuterschool krijgt een nieuwe bestemming; de school in de Maanen krijgt extra lokalen!